Hasil evaluasi kelembagaan Setjen Wantannas tahun 2016 termasuk pada klasifikasi Kategori II dengan nilai 66,10 yang berarti bahwa Setjen Wantannas merupakan organisasi yang cukup efisien, namun secara struktural masih membutuhkan penyesuaian dan penyempurnaan yang dilakukan secara bertahap. Terdapat pula Hasil Evaluasi Kelembagaan Setjen Wantannas Tahun 2017 dan 2018